Carlos Queiroz ha sido el foco de una polémica por lo manifestado en la rueda de prensa previa a la jornada de eliminatorias a Catar 2022, en la que Colombia enfrentará a Uruguay y Ecuador. En este caso ha dividido las opiniones que el portugués haya expresado que mientras la justicia no declare culpable a Sebastián Villa y juegue para Boca como lo hizo este fin de semana, será un jugador tenido en cuenta.
Una de los cuestionamientos que se le ha hecho al seleccionador de Colombia es si tiene en la misma consideración a los jugadores del medio local y a los que militan en el fútbol europeo, por la poca afluencia de jugadores locales, más allá de los arqueros Álvaro Montero, Aldair Quintana y Eder Chaux. En la última convocatoria fue llamado de último momento Gabriel Fuentes de Junior Barranquilla.
Frente a este tema el portugués fue muy enfático en que para él son todos iguales «para mi todos son colombianos, donde hay un colombiano todos son vistos con los mismo ojos, la misma consideración (…) para mi lo que cuenta es la performance, la calidad del jugador, la intensidad de los partidos, su consistencia, su actitud…»
